Na druhou stranu je nutno se zamyslet i nad negativy. Jednou z negativních záležitostí je, že MTU není specifická sloučenina a nemá tedy vliv jen na člověkem pěstované rostliny, ale i na plevele na poli. Ty také bohužel navýší svůj růst na polích a zvýší se jejich odolnost na nepříznivé klimatické podmínky na lokalitě. Zřejmě by tedy bylo nutné před aplikací MTU použít herbicidy, což ovšem navýšší celkovou četnost jejich aplikace. Zvýší se tedy smyv herbicidních látek do řek, čímž je negativně zasažen ekosystém. Působí toxicky na ryby, vodní ptactvo či obojživelníky. Pokud by se před použím MTU nepoužily herbicidy nemusí dojít k navýšení výnosu plodin, protože živiny z půdy budou čerpat hlavně agresivní plevele. Při navýšení četnosti aplikace herbicidů navíc dojde k nárůstu utužení a zhutnění půd na poli, které je v dnešní době již i tak extrémní. Každým projetím těžké techniky po lokalitě se situace zhoršuje. Pedokompakce má za následek snížování retenční schopnosti a úrodnosti půd. Snížená retence zvyšuje povrchový odtok, což má za následek opět vyšší smyv hnojiv, herbicidů či pesticidů a zároveň navyšuje erozi a vznik povodní.
Další problematika, nad kterou je dobré se zamyslet, je “Liebigův zákon minima”. Je výhodné, že látka umožňuje lepší využití dusíkatých hnojiv a navýšení příjmu dusíku rostlinou, ale nejedná se o jediný prvek, který rostliny potřebují pro svůj život. Může tedy na poli dojít k limitaci fosforem či draslíkem. Proto je nutné navýšit hnojení těmito prvky, což opět může opět značně ovlivnit ekosystém.
Jedním z problémů může být i dávkování. Dle výzkumů sice není látka toxická, ale počítá se s využím půl gramu na hektar. Po aplikaci MTU na pole však může dojít nenadále k velké srážce, a tak se může vše spláchnout z pole do údolí a tam? Vznikne pak rumiště!? A nebo příklad z praxe, kde zkrátka člověk je pouze člověk a může udělat chybu. Dojde tedy ke špatnému namíchání roztoku v cisterně. Například si pracovník splete desetinou čárku a do 200 litrové nádoby dá 5g či 50g MTU, k čemu následně dojde? Bude moci přijít Jack (či spíš český pohádkový Honza) a vylézt po obřím stonku fazole až do světa obrů? To asi ne.